Staatliche Schulen schließen, regionale Lücken tun sich auf. In Weitengesäß im Odenwald und in Laubach-Freienseen im Vogelsberg eröffnet die EKHN zwei freie Dorfgrundschulen. 2005 kommt als vierte Schule das Evangelische Gymnasium in Bad Marienberg hinzu. Die erste EKHN-Schule ist das Laubach-Kolleg, eine weiterführende Schule mit Internat, das bereits auf die Zeit vor der EKHN zurückgeht.
Unter Führung von Kirchenpräsident Peter Steinacker reist eine EKHN-Delegation nach Kairo und führt während einer Schiffsreise auf dem Nil theologische Gespräche mit einer Delegation der Al-Ahzar-Universität. Sie gehört zu den drei wichtigsten islamischen Lehrautoritäten. Vereinbart wird ein Austauschprogramm junger Theolog*innen. 2001 schickt die EKHN die ersten beiden dorthin.